L'organigramma della Chiesa Emmanuel è un mix tra una struttura orizzontale (che viene utilizzata per tutti quegli organi che si trovano in posizione parallela) ed una verticale (che permette gerarchicamente una maggiore autonomia decisionale ai leader dei primi livelli). Tale organigramma si definisce a "struttura circolare", in quanto attribuisce importanza ai rapporti di autorità tra i vari organi sociali.
Nell'organigramma della Chiesa Emmanuel, il Pastore senior, insieme al gruppo anziani, interagiscono ed hanno scambi di competenza con il Consiglio Amministrativo, il Collegio Ministeriale e l'Assemblea di Chiesa.
Alla luce di quanto detto, l'organigramma della Chiesa Emmanuel è così composto:

Il Collegio Ministeriale è composto da coloro che sono impegnati nella predicazione e nell'insegnamento della Parola di Dio. Si incontrano ogni mese per la preparazione biblica per lo sviluppo della leadership e per migliorare il lavoro di squadra (team player). Sono considerati ministri i capocellula, gli aiutanti e i monitori.

I membri del Consiglio Amministrativo solo eletti dall'assemblea di chiesa ogni due anni con il sistema di maggioranza.
Il Consiglio Amministrativo è presieduto dal pastore, in qualità di presidente ed è composto da un tesoriere, un segretario e due consiglieri. Esso di occupa della gestione dei servizi di diaconia e dell'amministrazione delle finanze della chiesa.

L'Assemblea di Chiesa è composta dai membri comunicanti. Essa approva i rendiconti finanziari, le modifiche allo statuto e il regolamento interno. Delibera sull'acquisto di beni mobili e immobili; delibera su tutte le altre materie che si rendono necessarie per la materiale esistenza dell'associazione.