L'organigramma della Chiesa Emmanuel è un mix tra una struttura orizzontale (che viene utilizzata per tutti quegli organi che si trovano in posizione parallela) ed una verticale (che permette gerarchicamente una maggiore autonomia decisionale ai leader dei primi livelli). Tale organigramma si definisce a "struttura circolare", in quanto attribuisce importanza ai rapporti di autorità tra i vari organi sociali.
Nell'organigramma della Chiesa Emmanuel, il Pastore senior, insieme al gruppo anziani, interagiscono ed hanno scambi di competenza con il Consiglio Amministrativo, il Collegio Ministeriale e l'Assemblea di Chiesa.
Alla luce di quanto detto, l'organigramma della Chiesa Emmanuel è così composto:
Nell'organizzazione della chiesa sono presenti 3 organi sociali e 5 livelli di leadership.

GLI ORGANI
- Collegio Amministrativo
- Collegio Ministeriale
- Assemblea di Chiesa

LIVELLI DI LEADERSHIP
- 5° Livello - Pastore Senior
- 4° Livello - Gruppo anziani
- 3° Livello - Responsabili dipartimenti
- 2° Livello - Responsabili attività
- 1° Livello - Membri impegnati

Inoltre, nella chiesa Emmanuel i membri della chiesa si distinguono tra comunicanti e aderenti:

Membri comunicanti. Sono quei "fedeli" che avendo creduto e fatta professione della propria fede nel Signore Gesù Cristo, quale personale Signore e Salvatore, sono stati battezzati secondo le Sacre Scritture e vivono una "vita nuova" che testimonia della trasformazione operata dalla grazia di DIO. Hanno il diritto di partecipare attivamente alle Assemblee ed eleggere i membri del consiglio amministrativo.

Membri aderenti. Sono coloro che, pur non essendo battezzati in acqua, partecipano agli incontri della comunità. Pertanto sono considerati membri aderenti i bambini che partecipano alla Scuola Domenicale e coloro che frequentano i culti settimanali.